PCR實驗室設計的關鍵難題是如何避免污染。在具體工作中，如下類別的污染是比較容易見到的：放大產(chǎn)品的污染；自然基因組DNA污染；試劑污染和樣本間的污染。如果發(fā)生污染，一定要終止實驗，直至發(fā)現(xiàn)污染源，而且還要扔掉測試結果，所以需重復檢驗。因此，污染出現(xiàn)后在實驗室附近找尋污染源不但費時費力，并且耗費人力物力。故此，為了避免污染，應當預防為主，而不是清除。

1、嚴密區(qū)分工作區(qū)域

（1）合理設立每個試驗區(qū)；

（2）每個試驗區(qū)應當有突出的標識（如顯眼的門牌或是相異的顏色等），以此區(qū)分不同試驗區(qū)的設施項目和試劑混淆

2、恰當?shù)南到y(tǒng)設置

（1）恰當?shù)目照{(diào)和通風系統(tǒng)設置，盡可能采用全供全排的空調(diào)系統(tǒng)；

（2）嚴密的氣流壓力監(jiān)控，保障不同試驗地區(qū)的不同壓力要求

3、標準化操作

（1）臨床基因擴增檢測實驗室的技術人員一定要經(jīng)歷過在職培訓，培訓達標之后方可從事臨床基因擴增測試；

（2）實驗操作過程中，操作人員需要戴手套，并且常常更換手套。除此之外，在操作中使用一次性帽也是避免污染的重要舉措；

（3）消毒工作及時、正確。試驗完結之后，要立刻打掃該地區(qū)。除了使用標準消毒液擦拭消毒表層或者使用紫外線燈照射消毒之外，部分試驗器材也應實施高氣壓消毒。

4、嚴密管控

（1）嚴格控制人員出入實驗室。和試驗不相關的人員不準擅自出入實驗室。如有可能，應設立出入整個實驗區(qū)的獨立通道和門；

（2）每個試驗區(qū)應采用有著突出差別標識（如不同顏色）的工作服。工作人員離開時，不準將該地帶之內(nèi)的工作服帶到其他地區(qū)；

（3）盡量減少在試驗地區(qū)內(nèi)不必要的行走，以降低交叉污染的風險

（4）增加產(chǎn)物檢驗區(qū)域是擴增產(chǎn)物污染的主要來源。廢液不準傾倒在實驗室以內(nèi)，必需在用消毒劑浸泡和消毒之后扔掉。一次性材質(zhì)，如使用過的吸盤，亦應在用消毒劑浸泡和消毒后進行處理，如焚毀；

（5）一些誘變及有害物質(zhì)可能會用于擴增產(chǎn)物分析區(qū)域，應特別注意實驗室人員的安全保護

5、完備的實驗室配套設施

健全的實驗室配套設備是確保試驗工作的必要條件。應依據(jù)每個實驗室的不同實驗內(nèi)容配置對應的設施以及設備，如超凈工作臺、離心機、取樣器等。